Antes de la colonización de Sudamérica, toda la selva era habitada por nativos. La colonización fue muy difícil debido a las enfermedades que ocurrían o a los ataques de desconocidos, por lo que no hubo suficiente información para saber cómo vivían. En el siglo XV comenzaron las exploraciones, donde los primeros franciscanos empezaron a fundar poco a poco las aldeas entre el río Ucayali y el río Perené.
Pucallpa se originó en la selva central, donde existía la etnia Shipibo-Konibo, uno de los grupos indígenas del oriente peruano, perteneciente a la familia lingüística pano y que habitaban en las márgenes del río Ucayali y sus afluentes Pisqui, Callería, y Aguaytia y a orillas del lago Tamaya y la laguna de Yarinacocha. A veces se considera que el territorio Shipibo está río abajo del Ucayali y río arriba la cultura Conibo, pero en realidad hay comunidades de ambos grupos en las dos zonas porque se han mezclado entre sí. Los Shetebo, una cultura antigua que vivían debajo de Contamana, ahora se encuentran integrados a los Shipibos. En esa época la población era de unas 25 000 personas, repartidas entre 108 caseríos o comunidades nativas, de los cuales presentamos a continuación las más importantes: